1.- El artículo 140.1 de la LGT establece la eficacia preclusiva de las resoluciones derivadas de procedimientos de comprobación limitada, de manera que finalizados aquéllos, como regla general, no se puedan iniciar con posterioridad otros procedimientos (ya sean de comprobación limitada o de inspección) sobre el mismo objeto comprobado.
El Tribunal Supremo, en su Sentencia de 22 de septiembre de 2014, analiza y resuelve el recurso de casación interpuesto por la Administración General del Estado frente a la Sentencia de la Audiencia Nacional de 5 de noviembre de 2012, recurso nº 72/2010 (NFJ049077).

2.- La entidad recurrente en la instancia (ISABENA OBRAS Y CONSTRUCCIONES, S.A.) razona la nulidad de los Acuerdos liquidadores y sancionadores impugnados por vulneración del artículo 140.1 de la LGT, habida cuenta de la previa existencia de sendos procedimientos de comprobación limitada incoados a ISABENA por la Dependencia de Gestión Tributaria competente, que culminaron con sus respectivas liquidaciones provisionales, referidas al mismo concepto (Impuesto de Sociedades), períodos impositivos (2003 y 2004) y objeto de comprobación (deducción por la reinversión de beneficios extraordinarios), que la regularización inspectora ahora recurrida.

En particular y conforme se reconoce en la Sentencia de la Audiencia Nacional, “con anterioridad a este procedimiento inspector de carácter limitado, por la Dependencia de Gestión Tributaria [se incoó procedimiento de comprobación limitada], relativo al Impuesto sobre Sociedades, ejercicio 2003 , que finalizó por resolución de 19 de marzo de 2007, en la que se reduce la deducción por reinversión, al entender que la reinversión hecha en una nave sita en el polígono de Malpica (Zaragoza), adquirida por 901.518 , según escritura pública de 3.10.2003, no era válida a efectos de dicha deducción por no haberse afectado a la actividad de la empresa; quedando cuantificada en 20.640,32 ; quedando la liquidación provisional en una cuota a ingresas de 151.219,19 . También en otro procedimiento de comprobación limitada, que concluyó por acuerdo de la Dependencia de Gestión, de fecha 17 de mayo de 2007, se fija la deducción por reinversión procedente para el ejercicio 2004 en la cantidad de 30.960,48 , cuantificándose la cuota diferencial a devolver por tal ejercicio en 36.148,31 , que le fue devuelto a la entidad. Ambas liquidaciones provisionales, fueron impugnadas ante el TEAR de Aragón” (Fundamento Segundo).

3.- En este contexto, “alcanza todo su sentido -en palabras del Tribunal Supremo- la prohibición contenida en el artículo 140.1, vedando a la Administración, si ha mediado resolución expresa aprobatoria de una liquidación provisional, efectuar una nueva regularización en relación con igual obligación tributaria, o elementos de la misma, e idéntico ámbito temporal, «salvo que se descubran nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas y especificadas en dicha resolución»” (Fundamento Tercero).

3.1.- Como se recoge en la Sentencia de instancia, “alega la actora [ISABENA] que la Administración pudo comprobar la totalidad de los elementos relativos a la deducción por reinversión de beneficios extraordinarios aplicada por la recurrente, por lo que este mismo concepto impositivo no puede ser objeto de comprobación en posteriores comprobaciones limitadas, al haber sido determinado el ajuste por «deducción por reinversión de beneficios extraordinarios» (…) La actora entiende que no se dan nuevas circunstancias o hechos nuevos, distintos a las realizadas y especificadas en una determinada resolución, pues las transmisiones sobre las que se sustentaba el concepto de «reinversión de beneficios extraordinarios» eran las que sustentaban la deducción aplicada, sin que se hayan descubiertos otras distintas y nuevas de las expresadas” (Fundamento Segundo).

Y la Audiencia Nacional, frente al parecer de la Inspección y del TEAC, valida el razonamiento de la entidad demandante, señalando que: “(…) el carácter limitado de las actuaciones viene referido a la «deducción por reinversión de beneficios extraordinarios» en su conjunto; este es el objeto de la actuación inspectora limitada, sin que el hecho de que la Inspección se haya centrado en un determinado elemento del inmovilizado, pueda suponer que la exclusión de dicha comprobación de la «deducción» aplicada por la entidad en relación con otros de los elementos que configuran el ajuste por esa «deducción», inicialmente no comprobados pero que estaban a disposición de la Inspección, permitiendo posteriores comprobaciones de la totalidad de la «deducción» sustentada en la existencia de otras transmisiones que no fueron comprobadas por la Inspección y que configuraban el referido concepto fiscal. La Sala considera que dicha interpretación no puede sostenerse, primero, porque al ámbito de la «comprobación limitada» se ha de predicar del concepto impositivo al que se acota la comprobación inspectora, practicándose una «liquidación provisional» cuyos efectos se despliegan en la posterior, si así se produce, comprobación de carácter general, con la suerte de que el importe determinado por eses concepto es que debe figurar a cuenta, y valga la expresión, de la cuantificación de la liquidación general del impuesto. Por ello, no puede entenderse que el carácter limitado de la comprobación de la «deducción por reinversión» ampare la comprobación individualizada de cada uno de los elementos del inmovilizado, de forma que, comprobado uno, pueda comprobarse sucesivamente los otros, de forma que ese mismo concepto fiscal sea objeto de continuas regularizaciones con el argumento de que el carácter limitado de cada una de las actuaciones inspectoras, así lo permiten. Segundo, porque , como se ha declarado, no puede admitirse la comprobación limitada de un concepto impositivo que ha sido objeto, a su vez, de otra comprobación limitada, pues supondría acudir a un mecanismo de revisión no contemplado por la norma procedimental, y a extramuros del procedimiento de revisión. Y tercero, porque esa actuación atenta contra el principio de seguridad jurídica, al mantener en situación de inquietud tributaria al sujeto pasivo y pendiente de posibles comprobaciones limitadas en tropel hasta agotar la plenitud del elemento impositivo regularizado. En este sentido, el art. 140.1, hay que interpretarlo como norma que establece el carácter «preclusivo» del procedimiento de comprobación limitada», pues lo que ordena es que, la Administración «no podrá efectuar una nueva regularización en relación con el objeto comprobado»” (Fundamento Segundo).

3.2.- Por su parte, el Tribunal Supremo refrenda el razonamiento de la Audiencia Nacional destacando que “es designio, (…), del legislador que lo comprobado (o inspeccionado) limitadamente, y que ha dado lugar a una liquidación provisional, no pueda ser objeto de nueva regularización [para las inspecciones limitadas o parciales y sus liquidaciones provisionales, véanse los artículos 141.h) y 148], con la excepción expresada de que se obtengan nuevos hechos en actuaciones distintas de las que fueron objeto de la comprobación limitada. Este concepto, el de «actuaciones distintas», sólo puede ser integrado atendiendo a la propia disciplina del procedimiento de comprobación limitada, (…). Es decir, el objeto son «los hechos, actos, elementos, actividades, explotaciones y demás circunstancias determinantes de la obligación tributaria» y el medio es el «examen de los datos» consignados por los obligados o a disposición de la Administración. Siendo así, lleva toda la razón la Sala de instancia cuando, (…), afirma que el ámbito de la comprobación limitada se ha de predicar del «concepto impositivo» que determina la práctica de una «liquidación provisional» (Fundamento Tercero). Para, acto seguido concluir que en caso contrario se “haría padecer la seguridad jurídica proclamada por nuestra Constitución al más alto nivel (artículo 9.3 ) que, realizada una comprobación limitada de un determinado elemento de la obligación tributaria (v.gr.: la deducción por reinversión de beneficios extraordinarios), pese a tener a su disposición todos los datos precisos (por haberlos suministrado el obligado o por contar ya con ellos), la Administración se concentre a su albur sólo en alguno de ellos, aprobando la oportuna liquidación provisional, para más adelante regularizar y liquidar de nuevo atendiendo al mismo elemento de la obligación tributaria, pero analizando datos a los que no atendió cuando debía, pese a poder hacerlo por disponer ya de ellos” (Fundamento Tercero).

4.- Vemos, pues, como el Tribuna Supremo finalmente delimita la eficacia preclusiva de las liquidaciones provisionales resultantes de los procedimientos de comprobación limitada, de manera que existiendo una primera regularización, aunque sea “provisional”, sobre un determinado concepto impositivo se prohíbe una actuación comprobadora posterior sobre el mismo “elemento de la obligación tributaria” que ya fue analizado, siempre que en ese primer procedimiento la Administración Tributaria ya contara (como ocurre en el supuesto analizado por el Tribunal Supremo) con toda la información necesaria para regularizar. Se sale así al paso de la práctica administrativa comúnmente aceptada (incluso entre muchos profesionales tributaristas) que, al amparo de una interpretación literal y superficial del concepto legal de liquidación provisional , construido  sensu contrario de la definición de liquidación tributaria definitiva (cfr., artículo 101, apartados 2, 3 y 4 de la LGT), entiende que la liquidaciones provisionales, habida cuenta precisamente de tal carácter, dejan siempre y en todo caso abierta la puerta a actuaciones indagatorias posteriores.

De acuerdo con lo argüido por la Audiencia Nacional y validado por el Tribunal Supremo, el “concepto impositivo”, objeto de una actuación comprobadora limitada, determina que la Oficina Gestora tenga que llevar a cabo, dentro de dicho marco regularizador (en el caso analizado, la deducción por reinversión de beneficios extraordinarios en el Impuesto de Sociedades de ISABENA en los ejercicios 2003 y 2004), una labor de verificación y de control completa del material probatorio de que aquélla dispone en dicho procedimiento. No siendo admisible fraccionar en posibles actuaciones posteriores el elemento de la obligación tributaria comprobado en el primer procedimiento, so pena de vulnerar el artículo 140.1 de la LGT y, por ende, socavar el principio constitucional de seguridad jurídica (artículo 9.3 CE). En consecuencia, las liquidaciones provisionales resultantes de procedimientos de comprobación limitada sólo permitirán actuaciones (de gestión o de inspección) posteriores respecto al objeto ya regularizado cuando traigan causa del descubrimiento de “nuevos hechos o circunstancias que resulten de actuaciones distintas de las realizadas” (artículo 140.1 LGT). Y ello sólo ocurrirá con “la aparición de nuevos datos no hechos constar en la autoliquidación” (Sentencia de instancia, Fundamento Segundo).